I think making the jp.krita.org top note a text link to https://krita.org/jp/ would make the transition much easier for users(than typing the new location in address bar).

I think turning the whole message a text link would be simple.
"krita.orgが多言語化されたことに伴い、今後のKrita日本語サイトの更新はkrita.orgで行われます。jp.krita.orgにブックマーク等を付けてくださっている方はkrita.orgへの移行をお願いします。引き続きKritaの日本語サイトをよろしくお願いします。"